位于日本京都。系真言宗京都各派所立之新制大學。種智院之名，系以其宗祖空海所創設之綜藝種智院為基礎。直接起源則是明治十四年（1881）雲照開設于該地之學府。其後歷經數度興廢，迄昭和二十四年（1949）規模始備。今設有佛教學部，並于專門科目中分立佛教學專攻與密教學專攻二部分。講座則依一般之新制大學制度，教導真言之事相與教相。